Rumah Sakit Mata Makassar sebelumnya adalah Balai Kesehatan Mata Masyarakat (BKMM) Makassar berbentuk Seksi Mata dibawah koordinasi dan pengawasan Kanwil Departemen Kesehatan Propinsi Sul-Sel dikepalai oleh Prof.DR.dr.Waraouw,DSM yang dulunya berlokasi di Jln. G. Lompobattang No. 10 Makassar.
Dalam rangka pengembangan Pelayanan Kesehatan Mata, maka Pemerintah melalui SK Menkes RI No. 350 a/Menkes/SK/VI/1991 melembangakan 12 UPT di bidang Kesehatan Masyarakat, salah satu diantaranya adalah BKMM Prop. Sul-Sel diresmikan oleh Dirjen Binkesmas Depkes RI Dr. Leimena, MPH di Gedung Baru Komp. Kesehatan Banta-Bantaeng Jl. Wijaya Kusuma Raya No. 19 Makassar.
Pada tanggal 10 januari 200 BKMM Sul-Sel melakukan kerjasama dengan bagian Ilmu Kesehatan THT FK-Unhas mengadakan uji coba kesehatan THT terpadu dengan duungan dari Depkes RI, maka pada tanggal 08 Mei 2006 kerjasama tersebut dikukuhkan secara resmi.
Sesuai Peraturan Menkes No. 1652/Menkes/Per/XII/2005 struktur dan organisasi BKMM Makassar meningkat dari Eselon IIIb menjadi Eselon IIIa dengan wilayah kerja meliputi 13 Propinsi.
Pada Tahun 2020 Balai Kesehatan Mata Makassar berubah menjadi Rumah Sakit Mata Makassar dengan terbitnya PMK No.83 Tahun 2020 tentang organisasi dan tata kerja rumah sakit mata makassar tanggal 7 Desember 2020, Sebagaimana yang di ubah dalam Peraturan Menteri Kesehatan RI No. 26 Tahun 2022 Tentang Organisasi dan Tata kerja RS di Lingkungan Kementerian Kesehatan.
Sejak dari Seksi Kesehatan Mata sampai sekarang telah beberapa kali pergantian pimpinan.
1. Prof DR. Dr. Waraouw, DSM tahun 1955 sampai dengan 1970 (Kepala BKMM Makassar)
2. Prof dr. Umar, DSM tahun 1970 sampai dengan 1982 (Kepala BKMM Makassar)
3. dr. Robert Sutjiadi, DSM tahun 1982 sampai dengan 1992 (Kepala BKMM Makassar)
4. dr. Semuel R. Dundu, DSM tahun 1992 sampai dengan 1995 (Kepala BKMM Makassar)
5. dr. Ny. Hj. Rahasiah Taufik, DSM tahun 1995 sampai dengan 2003 (Kepala BKMM Makassar)
6. dr. Hamzah, Sp.M tahun 2003 sampai 2011 (Kepala BKMM Makassar)
7. dr. Noor Syamsu, Sp.M, M.Kes (Mars) tahun 2011 sampai 2017 (Kepala BKMM Makassar)
8. dr Anadah,MARS Tahun 2018 sampai 2020 (Kepala BKMM Makassar)
9. dr.Mujaddid,M.Kes (MMR) tahun 2021 sampai 2023 ( PLT Direktur Utama Rumah Sakit Mata Makassar )
10. dr. Asnadah, MARS tahun 2023 sampai 2025 ( Direktur Utama RS Mata Makassar )
11. Dr. dr. A. Tenrisanna Devi Indira, Sp.M(K), M.Kes tahun 2026 sampai saat ini (Direktur Utama RS Mata Makassar)
Saat ini Rumah Sakit Mata Makassar tetap menjadi Badan Layanan Umum pada kementerian kesehatan sebagai instansi pemerintah yang menerapkan Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum (PK-BLU) dengan status Badan Layanan Umum secara Penuh (BLU secara Penuh). Berdasarkan Peraturan Menteri keuangan RI No. 525/KMK.05/2021 Dengan status BLU secara Penuh memberikan feksibelitas pengelolaan keuangan kepada Balai Kesehatan Mata Masyarakat Makassar sesuai dengan Peraturan Pemerintah No. 23 tahun 2005.